Aus Protest gegen die eingeengte und konservative Kunstauffassung in der Münchener Künstlergenossenschaft traten 96 Mitglieder aus dieser führenden Künstlervereinigung aus und gründeten am 4. April 1892 den „Verein bildender Künstler Münchens e.V.“, der sich nach wenigen Monaten zusätzlich die Bezeichnung „Secession“ wählte, so dass der endgültige und vollständige Name „Verein bildender Künstler Münchens Secession e.V.“ lautet. Mit der Kurzform „Secession“ wurde der Verein bald populär. Unter den Gründungsmitgliedem finden sich die Namen wie Fritz v. Uhde, Bruno Piglhein, Franz v. Stuck, Lovis Corinth, Peter Hahn, Hugo v. Habermann, Peter Behrens, Adolph Hölzl, Max Liebermann, Hans Olde, Leo Samberger, Tony Stadler. Diese Freiheitsbewegung in der Münchener Kunstszene geschah unter reger Anteilnahme der Bevölkerung, die ersten Seiten der großen Tageszeitungen brachten darüber ihre Berichte.

Zunächst war es schwierig, in München ein passendes Ausstellungsgebäude zu finden. Dagegen bot die Stadt Frankfurt Ausstellungsräume und 500.000 Goldmark an, falls der neu gegründete Verein nach Frankfurt übersiedeln wolle. Eine Ausstellung fand dann 1893 in der Kunsthalle am Lehrter Bahnhof in Berlin statt. Presse: „Hier sieht man die frische, lebensfähige und moderne Kunst – das ist Schlaraffia“ … „Man darf hoffen, dass die Berliner Kunstzustände eine radikale Besserung erfahren“ … „Die Münchener Secessionisten sind ein großer Gewinn für Berlin“.

Mit großer Unterstützung durch den Verleger Georg Hirth und anderen bedeutenden Persönlichkeiten als Förderer konnte bereits am 16. 7. 1893 in München im eigens dafür errichteten Ausstellungsgebäude an der Prinzregentenstraße / Ecke Pilotystraße die 1. internationale Kunstausstellung der Secession eröffnet werden.

Das Echo war groß. Am ersten Ausstellungssonntag kamen über 4000 Besucher. 297 Künstler stellten über 876 Werke aus. „In wenigen Wochen wurden Hunderte von Bildern herbeigeschafft“. Die Schau wurde dem Programm des Vereins „… von Künstlern aller Richtungen“ gerecht. „Man soll Kunst sehen, jedes Talent, ob älterer oder neuerer Richtung“. Qualität war gefragt. Man schaute wieder nach München. Pablo Picasso spricht 1898 begeistert von dieser Vielfalt und bedauert den Streit der Pariser wegen Stilrichtungen.

.Der glücklich gewählte Name „Secession“ (Absonderung, Trennung) wurde bald der Begriff für Befreiung, für Freiheit in der Kunst, einer Kulturrevolution, die Musik, Literatur und Architektur gleichermaßen erfasste. „Der Streit ging um eine neue Kunst, ein neues Schauspiel, eine neue Oper, neue Konzerte in neu gebauten Sälen, um die Verjüngung aller Lehranstalten, um ein neues, frisches Leben…“ (Uhde-Bernays). In Europa gründeten sich in kürzester Zeit neue Secessionen wie die Darmstädter Secession und Dresdner Secession, schließlich 1897/98 in Wien und Berlin. Zu dieser Zeit lebten in München mehr bildende Künstler als in den Kaiserstädten Wien und Berlin zusammen. Auch in Amerika und Japan entstanden secessionsähnliche Künstlergruppen. „Die Gründung der Secession brachte die gesamte bildende Kunst Europas und Amerikas in Gärung und wandte sie neuen Zielen zu.“ (E. Betz)

Als sich Venedig mit der Gründung der Biennale 1895 der internationalen Kunst öffnete, geschah dies nach dem Vorbild der Münchener Secession, die beratend mitwirken konnte.

Nach dem Zweiten Weltkrieg, 1946, fanden sich deren Mitglieder wieder zusammen. So konnte die Münchener Secession eine treibende Kraft werden für die Gründung des „Berufsverbandes Bildender Künstler“ und zum Zusammenschluss mit den nach dem Krieg gegründeten Künstlervereinigungen „Neue Gruppe“ und „Neue Münchener Künstlergenossenschaft“ zur „Ausstellungsleitung Haus der Kunst“. Noch bevor es der Politik möglich war, wirkten die Künstler versöhnend über die Grenzen hinweg und zeigten in der „Großen Kunstausstellung“ im Verbund mit jungen Talenten die künstlerische Avantgarde, die aus politischen oder rassistischen Gründen im Dritten Reich unterdrückt, verfolgt oder verboten wurde. 

Welch ein Triumph für die Ausstellungsleitung und die ausstellenden Künstler, als sie 1949 in eben diesem Haus, aus dem sie in der Nazizeit ausgesperrt waren – obwohl es aus dem für sie gegründeten Fonds für einen Neubau nach dem Brand des Glaspalastes 1931 erbaut wurde –, ihre erste Ausstellung in freier Bestimmung abhalten konnten. In 150 Ausstellungen wurden bis 1989 u.a. Ernst Ludwig Kirchner, Oskar Schlemmer, Eduard Munch, Pablo Picasso, Vincent van Gogh, Fernand Leger, Marc Chagall, Paul Gauguin, Henry Moore, Henri de Toulouse-Lautrec, Aristide Maillol, Georges Braque, Max Beckmann, Hans Purrmann, Joan Miro, Friedensreich Hundertwasser… Shogunkunstschätze aus Japan gezeigt. Allein die Ägyptenschau im Jahr 1980 führte 652.700 Besucher in das Haus der Kunst.

Aus Anlass des hundertjährigen Jubiläums 1992 erschienen drei Bücher über die Münchener Secession: „The Munich Secession“ von Dr. Maria Makela, Princeton University Press, „Richard Muther, ein provokativer Kunstschriftsteller zur Zeit der Münchener Secession“ von Dr. Rotraud Schleinitz, Saarbrücken, Georg Olms-Verlag und „Münchener Secession 1892, Otto Barone Hierl-Deronco ein Mitbegründer“, München, Eigenverlag Norbert Hierl-Deronco.

Zum hundertjährigen Jubiläum veranstaltete die Münchener Secession unter der Schirmberrschaft S. K. H. Prinz Franz von Bayern am 2. April 1992 in der Bayerischen Akademie der Schönen Künste einen Festakt und tags darauf im Festsaal des Künstlerhauses einen Galaabend.

Gemeinsam mit den beiden Künstlergruppen „Neue Gruppe“ und „Neue Münchner Künstlergenossenschaft“ führte die Münchener Secession in der Nachkriegszeit im Rahmen der „Ausstellungsleitung Große Kunstausstellung im Haus der Kunst München“ die „Große Kunstausstellung“ durch. So widmete sich ein Teil der Ausstellung bereits 1995 den sogenannten neuen Medien, den der Secessionskollege Dieter Rehm unter dem Titel „Der zweite Blick – Manipulation und mediale Wirklichkeit in der Fotokunst“ kuratierte. Diese Ära endete 2011. Wichtige Mitglieder in dieser Zeit der Secession waren unter vielen anderen Alfred Hrdlicka, Horst Sauerbruch, Malte Sartorius, Walter Raum und Reiner Zimnik.

Aber auch jenseits de Engagements im Haus der Kunst entfaltete die Secession zahlreiche Aktivitäten. 2007 erschien ein umfangreiches Buch über die Geschichte der Secession und ihrer Sammlung im Prestel Verlag. 2011 gründete sie einen eigenen Verlag in dem eigene Publikationen und solche von Mitgliedern, wie etwa Ausstellungskataloge, erscheinen können.

So führte die Secession inzwischen zahlreiche Ausstellungen durch. 2012 in Istanbul, 2013 in Venedig, 2012 und 2014 das Projekt „Melange“ in Kooperation mit dem Künstlerhaus Wien. Regelmäßige Ausstellungen gab und gibt es im Verein für Originalradierung in München, sowie im Hans-Reiffenstuel-Haus in Pfarrkirchen.

Unter dem Titel Tradition & Gegenwart war die Münchener Secession im Jahr 2015 im Cordonhaus in Cham zu Gast. Die Ausstellung vereinte Bilder aus der Sammlung der Secession und aktuelle Arbeiten von aktiven Secessionsmitgliedern. Dazu erschien eine Publikation mit Abbildungen aller ausgestellten Arbeiten und einem Text von Anjalie Chaubal ( Leiterin Museen und Galerien der Stadt Cham ) im Verlag Münchener Secession.

Das 125. Jahr des Bestehens der Münchener Secession im Jahr 2017 wurde gewürdigt mit Ausstellungen in der Gemäldegalerie Dachau, der Rathausgalerie-Kunsthalle München und der Neuen Galerie Dachau.
Die Gemäldegalerie Dachau zeigte unter dem Titel Zu Gast in Dachau Bilder und Skulpturen aus der Sammlung der Münchener Secession, ausgewählt von der Leiterin der Gemäldegalerie Dachau, Dr. Elisabeth Boser.

Arbeiten von 8 aktuellen Mitgliedern wählte der Kurator Johannes Muggenthaler für die Rathausgalerie-Kunsthalle München aus unter dem Titel „Secession jetzt“.

Die Neue Galerie Dachau unter Leitung von Dr. Jutta Mannes zeigte Arbeiten von 6 aktuellen Mitgliedern der Secession unter dem Titel Natur//Kultur. Zu diesem Anlass erschien im Verlag Münchener Secession ein umfangreicher Ausstellungskatalog mit zahlreichen Abbildungen und Texten.